El ADN en las alcantarillas podría alertar de brotes virales

John Snow sabía en 1854 que el origen de muchas enfermedades podía ser rastreado. Su trabajo fundó la epidemiología moderna, la cual se renueva hoy, 160 años después, con la ayuda de la genética.     Por Matthew Herper     La prevención de enfermedades y la cartografía han estado inextricablemente entrelazadas desde 1854, cuando un médico inglés llamado John Snow rastreó un brote de cólera cercándolo geográficamente y localizando una bomba de agua contaminada con bacterias, inventando la epidemiología moderna en el camino. En 2010, el genetista Eric Schadt, entonces director científico del fabricante del secuenciador de ADN Pacific Biosciences, tuvo una idea para actualizar el método de Snow y adaptarlo a la edad moderna: Todos los gérmenes que nos enferman —desde la gripe y el sarampión hasta la peste bubónica— terminan en nuestros desechos. ¿Por qué no rastrearlos mediante el uso de tecnología de ADN para secuenciar las aguas negras? Los fragmentos de ADN en las aguas residuales podrían ser comparados con los de patógenos conocidos y triangulados con ubicaciones físicas específicas. Los funcionarios de salud pública ya no tendrían que esperar a que alguien ardiera con fiebre para saber que el virus del Ébola habría llegado a Manhattan, ellos serían alertados por las secuencias procedentes de las alcantarillas, y conocerían su origen con unas cuantas cuadras de margen de error. Schadt probó su hipótesis tomando muestras de las alcantarillas de San Francisco, pero analizar las aguas residuales con los costosos secuenciadores de PacBio resultó poco práctico. Christopher Mason, profesor de Weill Cornell Medical College, ha recogido una versión más simple de la idea, aplicando hisopos a las superficies de toda la ciudad de Nueva York para crear un “Patomapa” de gérmenes que dará a conocer a principios del próximo año. Pero Schadt, que ahora dirige un esfuerzo de genómica financiado por Carl Icahn en la Mount Sinai School of Medicine en Manhattan, aún quiere un mapa más detallado de las aguas residuales producido automáticamente. ¿Es posible? Un nuevo secuenciador de ADN, fabricado por Oxford Nanopore, tiene el tamaño de una memoria USB que puede tomar secuencias al instante. ¿Quién sabe lo que otra generación de innovación podría generar? Pregunta Mason: “Es futurista, pero a la vez realista.”