La supercomputadora de IBM analizará la secuencia genética de los pacientes con cáncer, así como de sus tumores, para ayudar a los médicos a hacer una mejor selección de fármacos para el tratamiento.

 

Por Matthew Herper

 

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IBM y el Centro del Genoma de Nueva York (NYGC) anunciaron una sociedad para probar si Watson, la supercomputadora que ganó en Jeopardy, puede filtrar los genomas de pacientes con cáncer y ayudar a los médicos a seleccionar los fármacos para tratarlos. Este esfuerzo podría ser la clave para hacer más accesible la secuenciación del ADN para el cáncer, pero hay una gran cantidad de trabajo por hacer que tomará años como mínimo.

El esfuerzo está empezando a pequeña escala, revisando los datos de 25 pacientes con glioblastoma multiforme, un cáncer cerebral raro que es casi siempre resulta fatal. Sin tratamiento, la supervivencia media es de sólo unos pocos meses, con cirugía, medicamentos y radiación, la vida del paciente puede extenderse al menos un año.

Tanto el genoma como el tumor de cada paciente serán secuenciados usando máquinas fabricadas por Illumina. Ambos serán comparados y la lista de diferencias serán enviada a Watson. El NYGC también analizará el ARN de los genes –piensen en el ARN como un mensajero que lleva la información genética fuera del núcleo de la célula–, lo cual podría dar a los científicos ideas para un tratamiento que no surgirían de sólo mirar el ADN.

“Esperamos que el modelo de aprendizaje de Watson pueda encontrar asociaciones más rápido de lo que lo podemos hacer nosotros y que sea capaz de establecer los conjuntos de medicamentos para ayudar a los médicos a profundizar de manera que puedan tomar mejores determinaciones de qué probar”, dice Toby Bloom, Director Científico Adjunto de Informática del NYGC.

Si el esfuerzo temprano parece proporcionar razones para guardar una esperanza, se ampliará para incluir a muchos más pacientes. Hay alrededor de 1,700 pacientes remitidos a hospitales de la Ciudad de Nueva York cada año.

El problema que Watson está atacando es la parte más difícil y que consume más tiempo de tratar con datos de secuencia de ADN: peinar las publicaciones científicas para averiguar lo que hacen las proteínas producidas por los genes sospechosos de causar cáncer. En este momento, ése es un trabajo hecho por los científicos, y consume mucho tiempo y dinero. Un estudio reciente señaló que el costo de analizar un genoma es de 17,000 dólares. Cualquier ahorro de tiempo o costo haría que el uso de la secuencia de ADN más rentable. Y esto es en muchos sentidos un problema similar a aprender a responder a las preguntas sobre Jeopardy.

Ajay Royyuru, director para el Centro de Biología Computacional de IBM Research, dice que espera reducir el tiempo que se necesita para hacer este tipo de análisis a “horas o incluso minutos”. Más que eso, espera que Watson con el tiempo permita a los investigadores tomar decisiones basadas en más datos de los que podrían integrar en sus propias mentes, incluso considerando información de campos dispares.

“Éste es un problema que enfrentamos como investigadores”, dice. “Somos expertos en lo que sabemos, pero nosotros no somos expertos en lo que no sabemos. [Watson] recopilará sistemáticamente las pruebas, y alertará al experto. Si puedes hacer eso de forma sistemática, estarás entregando enorme evidencia que ayudará al experto a realizar su tarea de forma más rápida y eficaz.”

IBM está tratando de hacer eso a través de la medicina, en sus esfuerzos para mejorar el tratamiento del cáncer junto al Centro Oncológico Memorial Sloan-Kettering y el Centro de tratamiento para el Cáncer MD Anderson; en la educación médica junto a Clínica de Cleveland, e incluso en una alianza con la aseguradora de salud Wellpoint. Hasta ahora, ninguno de estos esfuerzos está lo suficientemente avanzado como para realizar un despliegue generalizado.

Lo mismo ocurre con este esfuerzo en genómica. El uso de Watson en esa área tiene sentido, pero este ensayo temprano tendrá que conseguir resultados fantásticos para probar que Watson puede ayudar a los médicos a escoger mejores medicamentos para pacientes con cáncer. Sin embargo, no hay un grupo control. Watson tendrá muchos más datos para aprender a ayudar a los genetistas a tratar el cáncer, y entonces los genetistas necesitarán aún más datos para convencer a los oncólogos de que la computadora puede ayudarles. Éste es el comienzo de algo que podría cambiar el tratamiento del cáncer en las próximas décadas.

 

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